Губернские учёные архивные комиссии были учреждены в 1884 году Положением Министерства внутренних дел. Появление комиссий было обусловлено катастрофическим состоянием провинциальных архивов, страдавших от перегруженности массой дел, не имевших к ним непосредственного отношения и потому уничтожавшихся. В результате гибли документы, имевшие историческое значение. Назрела необходимость разбора и приведения в порядок архивов на местах.
     Идея создания специальных комиссий, способных осуществлять функции, связанные с научной обработкой документов, принадлежала Н.В. Калачову. Он попытался привлечь внимание археологов к проблемам архивов. На первом археологическом съезде в 1869 г. им был сделан доклад, где обосновывалось проведение реформы архивного дела, и на следующих съездах опять поднимался этот вопрос.
     В 1884 г. Петербургская Академия наук поддержала идею Н.В. Калачова и представила в Комитет министров проект Положения о губернских исторических архивах и учёных архивных комиссиях. Согласно ему, основными направлениями деятельности комиссий объявлялись - "собирание и приведение в известность архивных дел и документов, важных в научном отношении". Кроме того, комиссии могут "включать в круг своих занятий разыскание, описание и объяснение всяких других памятников старины".
     В соответствии с этим комиссии занимались созданием исторических архивов, музеев и библиотек; археологическими и этнографическими изысканиями; разработкой краевой истории; издательской и просветительской деятельностью; охраной памятников старины.
     Научное руководство работой комиссий возлагалось на Археологический институт, организованный Н.В. Калачовым. Таким образом, уже с момента своего возникновения комиссии были тесно связаны с археологической наукой.
     Изучение памятников археологии, как одно из основных направлений деятельности, определялось программами комиссий. Поскольку архивные комиссии, по сути, начинали археологическое изучение своих губерний, то их усилия были нацелены на:
     - обследование края, сбор сведений об известных памятниках и обнаружение новых;
     - составления археологических карт губерний;
     - изучение конкретных памятников;
     - организацию музеев.